Popularne rozszerzenia plików wykonywalnych w systemie Windows to EXE, COM, DLL, BAT. Plik wykonywalny dołączany dynamicznie do innego programu zwany jest biblioteką dołączaną dynamicznie (DLL).
Pliki Windows Portable Executable (PE EXE) są to po prostu pliki wykonywalne, które działają we wszystkich 32-bitowych systemach operacyjnych firmy Microsoft. Dlatego właśnie większość pisanych obecnie złośliwych programów posiada ten format.
W systemie Unix atrybuty plików wykonywalnych zawierają specjalną flagę uprawnień.